За все время своего существования, на протяжении более чем двух с половиной столетий, сибирская ссылка реформировалась не один раз.

Так, например, высочайшим указом от 15 июля 1729 года были оформлены колонизационные цели ссылки, а указами от 13 декабря 1760 и 17 января 1765 года был существенно расширен спектр лиц, которые могли быть сосланы. Неспособность государства обеспечить сносные условия существования большого числа сибирских ссыльных, а также существенные затруднения при препровождении ссыльных в Сибирь, в 1773 году вынудили на время отказаться от этой практики. Однако, в 1799 году принимается проект заселения ссыльными всего "полуденного края Сибири".

Чрезмерное число ссыльных и их негативное влияние на Сибирь вновь остро поставило проблему реформирования ссылочной системы. В 1802 году была сокращена, а в 1811-1812 гг. и вовсе отменена административная ссылка по воле помещиков, а также сельских и мещанских обществ. Тем не менее, постепенно ссылка вернулась к прежним правилам. К 30 годам XVIII столетия ежегодное количество ссылаемых в Сибирь составляло до 10 тысяч человек. Органы власти по прежнему не могли ни обеспечить приемлемых условий существования ссыльных, ни привязать ссыльных к земле, ни предотвратить бродяжничество и рост уголовных преступлений.

В 1835 году Николай I выступил с предложением рассмотреть вопрос о полной отмене ссылки в Сибирь, но пятилетнее обсуждение этой проблемы ни к чему не привело. В 1840 г. Государственный совет высказался за полное сохранение ссылочной системы, указав, правда, на необходимость навести в ней порядок. Реформы 60-х годов XIX века также внесли свой вклад в перечень реформ, пережитых сибирской ссылкой. Так, была окончательно ликвидирована практика ссылки крестьян в Сибирь по воле помещиков, в 1865 году была существенно ограничена административная ссылка по приговорам сельских и мещанских обществ. Позднейшее законодательство вновь отменило эти ограничения, и различные административные органы, имевшие право отправлять в ссылку без судебного разбирательства, а также суды, продолжали высылать в Сибирь большие группы ссыльных.

Работавшая в 1871-1872 гг. Комиссия для пересмотра второй главы "Уложения о наказаниях" предложила исключить ссылку из числа репрессий за общеуголовные преступления но не получила поддержки Государственного совета. В 1877-1878 годах этот вопрос обсуждался в Комиссии по подготовке тюремной реформы, где было вынесено предложения оставить ссылку только для "политических" и "религиозных" преступников. Несмотря на отмену ссылки "на житьё", самая многочисленная судебная ссылка "на поселение" была оставлена. Ревизия сибирской каторги и ссылки в 1880-1881 гг. заставила Министерство внутренних дел наконец обратиться к этой проблеме всерьёз. 26 февраля 1888 г. в Государственный совет был подан проект закона, предполагавший прекращение общеуголовной судебной ссылки в Сибирь, но его исполнение было признано неосуществимым.

Законопроекты 1840, 1865, 1877 и 1888 гг. об ограничении общеуголовной и административной ссылки в Сибирь вновь и вновь показывали перманентный кризис ссылочной системы.

Во второй половине 90-х годов очевидная пагубность переполнения Сибири уголовниками вновь вынудила власти продолжить обсуждение проблемы реформирования сибирской ссылки. В 1894 - 1899 годах Сибирь для обследования состояния каторги и ссылки регулярно посещали правительственные чиновники: начальники Главного тюремного управления М.М. Галкин-Вранский и А.П. Соломон, а также министр юстиции Н.В. Муравьев. Под председательством последнего в 1899 г. была создана специальная Комиссия, которой предстояло разработать законопроект об отмене ссылки.

Накануне реформы 1900 года, по данным Главного тюремного управления, в Сибири сосредоточилось до 310 тыс. ссыльных всех категорий, в том числе ссыльнокаторжных - 10688 (3,4%), ссыльнопоселенцев - 100595 (32,8%), водворяемых рабочих - 39683 (12,8%), сосланных на житье - 9881 (3,2%), административно-ссыльных - 148418 (48,9%). В общей массе ссыльных политические составляли менее 1%

Списочный состав ссыльных традиционно расходился с фактическим их количеством на местах приписки - для сибирской ссылки был характерен устойчиво высокий процент беглых. Фактически, треть сибирской ссылки (около 100 тыс. человек) находилась в "безвестной отлучке". Еще одна треть сибирской ссылки представляла из себя бездомных бродяг, существовавших за счет случайного заработка. Около 70 тыс. ссыльных состояли батраками у старожилов и состоятельных ссыльных или работали в городах, и примерно 10% ссыльных осели на земле.